A história do Zen começa na índia. Na época do Buda, o Ioga entanto que prática de concentração do espírito estava amplamente estendido. Na sua natureza, o ioga é destinado a concentrar o espírito num único ponto: a realização da serenidade através da meditação em posição sedente.
Em realidade, os métodos do ioga eram quase reduzidos nesta época a privações de alimento, jejuns, certos votos como por exemplo permanecer muito tempo de pé sobre uma só perna.
Através desta ascese e de toda uma série de exercícios, o yoguii treinava-se na indiferença perante os estímulos do exterior e no controlo de até o menor movimento de seu próprio espírito.
O Buda praticou este ioga durante doze anos desde o momento em que decidiu renunciar ao mundo. Visitou santos e entrevistou-se com grandes eruditos, percorrendo os quatro cantos do país. Mas, em definitivo, o Buda não conseguiu através do ioga encontrar resposta a duas perguntas essenciais: ¿Que é o homem? ¿Como deve de viver o homem?
Buda abandonou o ascetismo, sentou-se tranquilamente, cruzou as pernas, concentrou-se na sua postura e na sua respiração. Durante o amanhecer do oitavo dia de zazen atingiu um nível superior de consciência ao ver o resplendor de uma estrela. Tornou-se o Buda, aquele que se iluminou, o que se despertou. Buda encontrou a sua verdadeira natureza no universo e uma regra de existência para todos os homens.
O Zen foi introduzido em China por Bodhidharma, mestre que representava a vigésimo oitava geração de discípulos do Buda. China estava dividida nesta época em estados rivais. A desordem reinava por toda a parte devido ao desgarro que produzia a luta pelo poder. O país encontrava-se submetido aos tiranos e ensanguentado pelas rebeliões.
A dinastia dos Liang reinava sobre um dos estados da antiga China. O imperador Wu-Ti, chefe desta dinastia, fervente budista, ouviu falar de Bodhidharma e recebeu-o no seu palácio. Á pergunta de Wu-Ti: «¿Qual é o princípio fundamental do Budismo?» Bodhidharma respondeu: «Um vácuo imenso. Um céu claro. Um céu em que não se diferenciam os iluminados dos ignorantes. O próprio mundo tal qual é».
Wu-Ti, apesar de que era um budista fervente, não compreendeu a mensagem de Bodhidharma e este último soube que a hora de difundir o Zen na China ainda não tinha chegado, pelo que atravessou o rio Yang-Tse e se retirou nas montanhas setentrionais, no Templo Shorin.
No Japão só as escolas Rinzai e Soto atingiram uma implantação importante, a primeira devido a Eisai e a segunda a Dogen e Keizan. A tradição Rinzai está baseada numa disciplina estrita destinada a desarticular as criações mentais. O Koan ou pergunta enigmática de difícil solução adquire uma grande importância e a sua resolução, mais além do intelecto, conduz à experiência do Satori e Despertar.
A Tradição Soto quer sobretudo concentrar-se sobre a Via do Buda, quer dizer, seguir a vida quotidiana do Buda, avançando continuamente na realização graças à prática diária, sem esperar nada especial. A essência do Soto é Shikantaza, sentar-se, somente sentar-se.
Com o Mestre Dôgen (1200-1254) a tradição Soto e a essência mesma do Budismo atingem um grau de maturidade e precisão difícil de encontrar noutras épocas. A sua obra mestra, o Shôbogenzo, é uma peça imprescindível para compreender o Budismo e a essência de toda a civilização oriental.
O Zen exerceu uma influência profunda na vida quotidiana do povo japonês. Esta influência pode ser apreciada em qualquer aspeto da vida japonesa: alimentação, vestidos, pintura, caligrafia, arquitetura, teatro, música, jardinagem, decoração, etc.
Ainda hoje em dia, apesar de que muitos japoneses não sabem que é o Zen, nos seus comportamentos e manifestações pode ver-se a pegada deixada na alma japonesa por este ensinamento.